The truth of the matter is...

The fact of the matter... / The heart of the matter


Il fatto è che...

Rimane il fatto che... / La verità è che...


Examples
When he travels he's always very generous with hotel staff, but the truth of the matter is that he's spending company's money
Quando viaggia è sempre molto generoso con il personale degli alberghi, ma il fatto è che i soldi che spende sono soldi della ditta

I'm having a bad time at work: it's true that I'm making good money, but the fact of the matter remains that nobody is doing his job and I'm mad as hell
È un periodo nero al lavoro: è vero che sono pagato bene, ma rimane il fatto che nessuno fa quello che dovrebbe e io sono incazzato nero

The couple was fighting like hell, but the truth of the matter is that she was right and he was yelling his head off because he was deadly wrong
I due fidanzati stavano litigando di brutto, ma la verità è che lei aveva ragione e lui urlava come un pazzo solo perché aveva torto marcio