Fig.: a little defect that spoils something goo. Used also sarcastically

Those little old streets downtown have been renewed and converted into luxury shopping alleys, but there's a fly in the ointment: no parking space!

Le piccole vecchie viuzze del centro sono state trasformate in strade dello shopping di lusso, ma c'è un piccolo inconveniente: non c'è assolutamente parcheggio!

Our trip to Italy was really wonderful. The only fly in the ointment was that my son refused to eat Italian: he was craving for hot dogs!

Il viaggio in Italia è stato bellissimo, tranne che per un piccolo neo: mio figlio si è sempre rifiutato di mangiare italiano e voleva solo hot dogs!

When applying for a job, Sarah boasts an interesting CV with excellent studies and full availability, but there's a fly in the ointment: her total lack of work experience

Quando si candida per un lavoro, Sara può vantare un Curriculum Vitae interessante con ottimi studi e totale disponibilità, ma c'è un piccolo neo: la totale mancanza di esperienza lavorativa

Of biblical origin, probably from Ecclesiastes 10:1: "Dead flies cause the ointment of the apothecary to send forth a stinking savour"